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La mise à jour attendue de PubMed est maintenant en démonstration à cette adresse : http://preview.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed.
On pourra noter notamment une clarification des options d’affichage (Display settings) et d’export (Send to).
Cette version devrait être définitivement mise en place dans quelques semaines.
[mise à jour 01/10/09] Présentation des nouveautés ici http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/so09/so09_pm_redesign.html (en anglais).
http://www.cismef.org/blog/?p=216
Voici une animation pour illustrer le fonctionnement de la nouvelle recherche avancée http://doccismef.chu-rouen.fr/avancee.html autour de trois exemples :
1) croissance et corticoïdes 2) Les hôpitaux de Marseille et 3) les banques d’images en anatomie.
http://www.cismef.org/blog/?p=222
Une mise à jour importante de l’outil de recherche Doc’CISMeF, l’outil de recherche de notre catalogue vient d’avoir lieu. Voici les principales modifications :
- Amélioration du tri des résultats
Un pourcentage nommé "pertinence" s’affiche désormais à côté de chaque résultat.Le score le plus élévé est atteint quand tous les termes de recherche sont présents dans le titre ou parmi les descripteurs principaux d’une ressource. A score égal, c’est la date d’une ressource qui détermine l’ordre des résultats.
- Nouvelle recherche avancée avec autocomplétion
Pour chaque champ de recherche des propositions s’affichent au fur et à mesure de la frappe (en gras les termes préférés, en maigre les synonymes).
- Gestion de nouvelles terminologies
Pour certaines ressources, une indexation provenant de terminologies autres que le MeSH peut être affichée.
- Et également :
Les différents codes et opérateurs booléens (voir la liste complète) sont utilisables directement en Recherche simple et ne sont plus proposés comme un mode de recherche à part entière.
Le mode de recherche obsolète "pas à pas" est supprimé.
http://www.cismef.org/blog/?p=209
Depuis fin mai, le service My NCBI associé à PubMed (gratuit sur inscription) permet de créer des filtres de recherche personnalisés. Ces filtres permettent d’avoir accès très rapidement à des requêtes usuelles qu’on pourra croiser en 1 clic avec la requête en cours. Voir cette page pour les détails (en anglais) : http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/mj09/mj09_pm_myncbi_collections.html.
Dans cet exemple, la requête "loattrfree full text"[sb] AND French[lang] correspond à la fraction d’articles en français et en accès libre.
Pour créer des filtres correspondant aux spécialités médicales, on peut utiliser cette page : http://doccismef.chu-rouen.fr/liste_des_meta_termes_anglais.html
Une fois la requête lancée vers PubMed, il faudra consulter l’onglet "Details" et copier l’intégralité du texte de l’équation de recherche.
Puis coller le texte de cette équation, au sein d’un nouveau filtre de recherche.
Une fois activé, l’onglet correspondant apparaîtra au-dessus des résultats de recherche.
Dans cet exemple, le filtre permet de cibler les 20% de résultats consacrés à la cancérologie.
http://www.cismef.org/blog/?p=208
Liste des changements de PubMed récents ou à venir.
La recherche avancée http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/advanced va devenir l’unique page pour des recherches élaborées au sein de PubMed.Ce qui entraine logiquement la réorganisation d’autres services :
- Disparition du Single Citation Matcher http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/utils/fref.fcgi?/corehtml/query/static/citmatch.html
- Disparition des onglets Limits, Preview/Index, History, Clipboard, Details
Parmi les changements déjà effectués, on peut citer :
- Un changement d’ordre graphique. C’est désormais le titre des articles qui est mis en avant plutôt que les auteurs. L’icône indiquant les articles gratuits a été remplacé par une mention écrite.
La même référence, ancienne et nouvelle version
- De nombreuses informations complémentaires à la simple liste des résultats sont affichées :
En cas de recherche à partir d’un nom de gène des liens vers la base de données Entrez Gene sont proposés.La colonne de droite accueillent des suggestions de recherche (plus ou moins pertinentes), des liens vers PubMed Clinical Q&A et l’historique des recherches.
Note : Ce billet reprend une grande partie du billet Changes to PubMed SOON du blog The Krafty Librarian.
http://www.cismef.org/blog/?p=203
Plusieurs bibliothèques ou centres de documentation dans le domaine médicale ont ouverts des portails personnalisés sur le site Netvibes, notamment :
http://www.netvibes.com/ascodocpsy du réseau documentaire Ascodocpsy.
http://www.netvibes.com/dochcl de la documentation centrale des Hospices Civils de Lyon.
http://www.netvibes.com/buparisdescartes#Medecine du SCD Paris Descartes.
Sur cette dernière page, les collègues du SCD Paris Descartes
(merci à eux) ont réalisé 2 widgets permettant d’interroger CISMeF ou
la terminologie CISMeF. Ces widgets peuvent être utilisés dans de nombreux environnements : Netvibes, igoogle, Apple Dashboard, Opera, Windows Vista, Windows Live.
Vous pouvez les retrouver à ces adresses :http://eco.netvibes.com/widgets/297401/sites-medicaux-francophones-cismefhttp://eco.netvibes.com/widgets/297399/terminologie-cismef
http://www.cismef.org/blog/?p=192
Le Quotidien du médecin a signalé hier une thèse de médecine intitulée :
"Le cadre théorique du concept de Web triangulation.Une analyse par théorisation ancrée du dialogue médecin-patient lié à l’Internet durant la consultation"
soutenue par Nicolas Hennebo auprès de la Faculté de médecine de l’université Lille 2.
Ce travail est basé sur 17 entretiens avec des médecins généralistes dont on pourra retrouver une analyse et la transcription intégrale dans la thèse. De nombreux thèmes et outils sont abordés dans ces entretiens : Google, CISMeF, certification HON, Web médecin…
La thèse est disponible en ligne à cette adresse : http://www.thesehennebo.com/.
http://www.cismef.org/blog/?p=199
L’AFSSAPS (Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé) vient de mettre en ligne son nouveau site, accessible à l’adresse : http://www.afssaps.fr/.
Le site est notamment structuré autour de 14 thèmes (médicaments, dispositifs médicaux, produits cosmétiques…) grâce à un logo et à un code couleur.
Pour suivre les nouveautés du site, on pourra utiliser le flux RSS général http://www.afssaps.fr/syndication/rss ou celui de chaque thème. On pourra également s’abonner par courrier électronique à partir de cette page http://www.afssaps.fr/Abonnement.
A l’heure actuelle, l’ancien site est encore en ligne, les URLs référencées dans notre catalogue vont être modifiées progressivement.
http://www.cismef.org/blog/?p=198
La Haute Autorité de Santé vient publier un rapport sur la certification des sites santé par la fondation HON :
Le communiqué de presse : http://www.has-sante.fr/portail/jcms/c_732568/la-has-publie-un-rapport-dactivite-dun-an-de-certification-des-sites-dedies-a-la-sante
Le rapport lui-même : http://www.has-sante.fr/portail/jcms/c_732570/bilan-dactivite-dun-an-de-certification-des-sites-internet-dedies-a-la-sante-novembre-2007-novembre-2008
Petite déception, la liste complète des sites français certifiés (640 à ce jour) n’est accessible nulle part, on pourra tout de même se faire une bonne des sites labellisés grâce au moteur de recherche accessible à cette adresse : http://www.hon.ch/HONcode/Search/HAS/index_f.html
http://www.cismef.org/blog/?p=196
La Haute Autorité de Santé vient publier un rapport sur la certification des sites santé par la fondation HON :
Le communiqué de presse : http://www.has-sante.fr/portail/jcms/c_732568/la-has-publie-un-rapport-dactivite-dun-an-de-certification-des-sites-dedies-a-la-sante
Le rapport lui-même : http://www.has-sante.fr/portail/jcms/c_732570/bilan-dactivite-dun-an-de-certification-des-sites-internet-dedies-a-la-sante-novembre-2007-novembre-2008
La liste complète des sites français certifiés est accessible à cette adresse : https://www.hon.ch/cgi-bin/HONcode/List/reclist.pl après inscription. On pourra également se faire une bonne des sites labellisés grâce au moteur de recherche accessible à cette adresse : http://www.hon.ch/HONcode/Search/HAS/index_f.html
http://www.cismef.org/blog/?p=196
"Ce présent document est la première phase d’un projet d’intégration des technologies de l’information et de la communication (TIC) dans les formations continues des médecins omnipraticiens et infirmières du Québec de première ligne. Il se compose de deux grandes parties : la première partie est une revue de littérature dans le domaine des TIC et la deuxième partie est le résultat d’une enquête réalisée auprès de ces deux groupes." Accès : http://www.inspq.qc.ca/publications/notice.asp?E=p&NumPublication=857
http://www.cismef.org/blog/?p=195
ticTOCs (http://www.tictocs.ac.uk/) est un service en ligne qui centralise les sommaires de plus de 11 000 journaux scientifiques et qui permet de s’abonner rapidement aux titres de son choix.
Le 27 novembre dernier ce projet a été présenté à l’IEP de Lyon. Le diaporama de cette présentation (en français) est aujourd’hui accessible en ligne : http://www.tictocs.ac.uk/news/ticTOCs27novLyon.ppt.
http://www.cismef.org/blog/?p=194
TripAnswers (http://www.tripanswers.org/) est un répertoire de questions-réponses provenant de divers services assurant des réponses aux questions cliniques de professionnels de santé.
Le site est réalisé par l’équipe de Trip Database (http://www.tripdatabase.com/).
Ces questions-réponses se distinguent notamment par leur transparence puisque chaque réponse possède un score sur trois critères (recherche, évaluation et confiance).
La présentation du service en anglais : http://www.tripanswers.org/about.aspx.
http://www.cismef.org/blog/?p=181
TripAnswers (http://www.tripanswers.org/) est un répertoire de questions-réponses provenant de divers services assurant des réponses aux questions cliniques de professionnels de santé.
Le site est réalisé par l’équipe de Trip Database (http://www.tripdatabase.com/).
Ces questions-réponses se distinguent notamment par leur transparence puisque chaque réponse possède un score sur trois critères (recherche, évaluation et confiance).
La présentation du service en anglais : http://www.tripanswers.org/about.aspx.
http://www.cismef.org/blog/?p=181
Les intitulés sont cliquables.
http://www.cismef.org/blog/?p=189
Dans le dernier bulletin technique de la NLM on peut découvrir les nouvelles options de recherche disponibles pour la base de données Journals. Cette base de données est une proche parente de PubMed puisqu’elle est constituée des périodiques qui sont, ou ont été, indexés dans PubMed notamment.
Ces nouvelles options de recherche permettent plus de transparence sur le contenu même de PubMed.
Subsets
On peut désormais obtenir la liste des titres qui composent les subsets de PubMed. Ces sous-ensembles apparaissent dans les "Limits" ou la nouvelle recherche avancée.
liste des Core Clinical Journals
Dental journals
Nursing journals
Consumer Health journals
Pays, langues et statut d’indexation
On peut également en apprendre plus sur la langue, les pays d’édition et le statut d’indexation des titres de MEDLINE.
Pour obtenir rechercher les titres par langue, il faut utiliser une requête de ce type : spanish [la]
Par pays : spain [pl]
Pour se limiter aux titres qui sont, à l’heure actuelle, indexés dans MEDLINE : currentlyindexed parmi lesquels certains sont indexés dans leur totalité (currentindexingtreatmentfull) et d’autres partiellement (currentindexingtreatmentselective).
Bien sûr, on peut croiser ces différents critères :
Ainsi parmi les 5321 titres indexés à l’heure actuelle dans MEDLINE, 89% ont l’anglais comme langue de publication, 2226 sont édités aux Etats-Unis et 1000 en Grand-Bretagne.
http://www.cismef.org/blog/?p=186
Le Bulletin des Bibliothèques de France vient de publier :Les activités de lecture dans les établissements de santéLire à l’hôpital : recommandations institutionnellesPourquoi et comment travailler avec l’hôpital ?BBF 2008 - Paris, t. 53, n° 5
http://www.cismef.org/blog/?p=184
La revue tic&société consacre un numéro au thème de la santé.
On pourra retrouver tous les articles en accès libre à cette adresse : http://revues.mshparisnord.org/ticsociete/index.php?id=326
Le Web santé y est évidemment abordé et deux articles analysent notamment le rôle et la nature du site santé le plus visité en France, Doctissimo.
Le sommaire :
Editorial
Application du concept de responsabilisation personnelle aux usages sociaux des technologies d’information et de communication en santé, Marc Lemire
TIC et santé : entre information médicale et information de santé, Hélène Romeyer
Communication et santé : entre rationalité marchande, logique d’information et communauté d’intérêts, Annelise Touboul et Elizabeth Vercher
Une critique du processus d’informationnalisation du système de santé français, André Marius Tine
Les réseaux de santé ou la rencontre de la santé et des TIC pour décloisonner le système de santé français, Christian Bourret
Un dernier article, en dehors du thème de la santé, pourra intéresser les blogueurs :
Les blogs « extimes » : analyse sociologique de l’interactivité des blogs, Sébastien Rouquette
http://www.cismef.org/blog/?p=183
La revue "Science" vient au secours des chercheurs français" par Sylvestre Huet, journaliste à Libérationhttp://sciences.blogs.liberation.fr/home/2008/10/la-revue-scienc.html
http://www.cismef.org/blog/?p=182
Librarians working in the NHS have been given a shot in the arm by the publication of a report that argues they should be as much a part of healthcare as doctors, nurses and other clinical and support staff…Laura Smith, Information World Review, 08 Oct 2008http://www.iwr.co.uk/2227780
http://www.cismef.org/blog/?p=180
Côté anglophone
Les actes du dernier colloque de la collaboration Cochrane sont en ligne :
les séances plénières http://cochrane.org/multimedia/colloquium_2008/Les posters http://cochrane.org/colloquium/2008/virtual_posters/?BTN1=Info&BTN2=Virtual_Colloquium
De nouveaux articles sur Google Health : http://www.readwriteweb.com/archives/google_health_interview.php et http://www.diabetesmine.com/2008/10/google-health-is-it-good-for-you.html
Du côté francophone
Le blog URFIST se penche sur l’enseignement a à distance proposé par la faculté de médecine de Grenoble : http://urfistinfo.blogs.com/urfist_info/2008/10/e-learning-et-c.html
Le SCD de l’Université Paris Descartes propose un tutoriel sur le MeSH database : http://mediatheque.parisdescartes.fr/article.php3?id_article=2105
Les présentations des dernières journées du RNDH sont en ligne : http://www.rndh.fr/article.php3?id_article=59
http://www.cismef.org/blog/?p=179
Annoncée depuis mi-septembre, la mise à jour de My NCBI est désormais en ligne.
Pour rappel ce service (gratuit) fonctionne avec plusieurs bases de données, PubMed notamment.Il permet de sauvegarder ses requêtes, d’être alerté des nouveautés, de constituer des collections et, dans une certaine mesure, de personnaliser l’interface de recherche en ajoutant des filtres de recherche sous forme d’onglets et des liens supplémentaires vers certains catalogues de bibliothèques.
Les nouveautés sont les suivantes :
- Un nouveau design et une navigation plus claire
- Nouveau service "My bibliography" qui permet aux auteurs de lister leurs propres publications
- Le nombre de recherches ou de collections sauvegardées n’est plus limité
Plus d’informations (en anglais) : http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/so08/so08_myncbi_redesign.html
http://www.cismef.org/blog/?p=177
Produit par CISMeF
http://www.cismef.org/blog/?p=176
Une publication signalée sur la liste de diffusion Renatis :
Yves Gingras, «La fièvre de l’évaluation de la recherche. Du mauvais usage de faux indicateurs»Notes de recherche du CIRST, 2008-05http://www.cirst.uqam.ca/Portals/0/docs/note_rech/2008_05.pdf
Un extrait sur le h-index :
"Comparons deux cas de figure : un jeune chercheur a publié seulement trois articles, mais ceux-ci ont été cités 60 fois chacun (pour une période de temps donnée); un second chercheur, du même âge, est plus prolifique et possède à sont actif 10 articles, cités 11 fois chacun. Ce second chercheur a donc un indice h de 10, alors que le premier a un indice h de 3 seulement. Peut-on en conclure que le second est trois fois "meilleur" que le premier ?"
http://www.cismef.org/blog/?p=175
Bibdoc, le journal de l’ADEBD (Association des Diplômés de l’EBD), propose un numéro consacré à la documentation dans le domaine de la santé. On y touve, entre autres choses, des témoignages des documentalistes du CHU d’Amiens, du centre de Documentation Médico-Pharmaceutique de l’AP-HP et de CISMeF.
http://www.ebd.fr/e_upload/pdf/BIBDOC_2008-2.pdf
De son côté, Le Babouin signe une tribune ouverte dans Archimag : «avons-nous besoin de bibliothécaires médicaux en France ? ».
http://archimag.com/fr/accueil-archimag/magazines/archimag-n217/tribune-ouverte.html
http://www.cismef.org/blog/?p=173
Doit-on présenter le navigateur Firefox (http://www.mozilla-europe.org/fr/firefox) ?
http://www.cismef.org/blog/?p=172
A titre expérimental, voici la première mashup (application composite) entre CISMeF et un autre service réalisée avec Yahoo! Pipes.
Les résultats de CISMeF sont comparés au site de partage de signets Delicious et triés en fonction de leur popularité.
A essayer ci dessous :
+
Quelques limitations : le score Delicious est plafonné à 15, le temps de réponse peut-être très long et les liens ne s’ouvrent pas dans une nouvelle fenêtre (utilisez Maj+clic ou Ctrl+clic).
http://www.cismef.org/blog/?p=170
N’importe quelle recherche de CISMeF peut désormais être obtenue au format RSS grâce au service Yahoo Pipes. A utiliser ci-dessous ou depuis la page des Outils de recherche (en langage naturel ou avec les différents codes de CISMeF pour les utilisateurs les plus avertis).
http://www.cismef.org/blog/?p=168
Le DReFC (Diffusion des REcommandations Francophones en Consultation de Médecine Générale) est une réalisation de la Société Française de Médecine Générale.
Cet outil est maintenant directement consultable sous la forme d’une base de données en ligne à cette adresse :
http://omg.sfmg.org/content/dico/drefc_module.php
En plus du lien vers les recommandations, 3 boutons permettent d’accéder rapidement aux données de l’observatoire de la médecine générale, de CISMeF et de CISMeF patients.
http://www.cismef.org/blog/?p=166
La Haute Autorité de Santé propose depuis peu ces dernières nouveautés sous la forme de flux RSS à partir de cette page : http://www.has-sante.fr/portail/jcms/c_675518/rss?cid=c_675518.
Ces flux sont bien sûr inclus dans CISMeF Actualités (http://www.chu-rouen.fr/actualites/) qui en profite pour dépasser la barre des 150 flux affichés.
http://www.cismef.org/blog/?p=165
- Le DOI (Digital Object Identifier) est un unique (et stable contrairement aux URLs) pour les document du Web (sur le point de devenir une norme ISO). Dans le domaine des publications scientifiques c’est l’association crossref qui gère ces DOIs. Pour mesurer leur importance croissante on peut consulter ces chiffres : http://www.crossref.org/crweblog/2008/07/crossref_indicators_87.html.PubMed fait met désormais cet en avant et affiche le DOI dans ses formats les plus courants.Plus d’info : http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/ja08/ja08_doi.html.
- Les modifications récentes (voir ici) de l’algorithme de PubMed ont apparemment suscité suffisamment de débat pour apparaître parmi les questions les plus fréquentes : http://www.nlm.nih.gov/services/pubmed_atm_change.html. L’heure n’est pas à la remise en question manifestement.
http://www.cismef.org/blog/?p=164
La conférence EAHIL 2008 (European Association for Health Information and Libraries) s’est tenu à Helsinki du 23 au 28 juin 2008.
Les posters, articles et présentations sont disponibles sur la page du programme scientifique : https://wiki.helsinki.fi/display/EAHILScientificProgramme/Home.
On y retrouve, entre beaucoup d’autres choses, la contribution de l’équipe CISMeF : une présentation de CISMeF Actualités.
Les articles basés sur les meilleurs présentations et posters seront l’objet du numéro d’Août du JEAHIL.
On peut également découvrir la conférence côté 2.0 (photos, vidéos, blogs…) à partir de cette page http://www.netvibes.com/eahil2008.
http://www.cismef.org/blog/?p=162
Depuis le début de l’année, les documents et prises de position sur l’avenir du dossier médical personnel se succèdent :
- 29 janvier : Le RAPPORT D’INFORMATION DMP, déposé par la commission des affaires culturelles, familiales et sociales sur le dossier médical personnel est publié sur le site de l’assemblée nationale.
- 15 mai : Le rapport de la mission de relance du DMP sur le site du ministère.
- 29 mai : rapport de la CCNE (Comité Consultatif National d’Ethique) http://www.ccne-ethique.fr/docs/Avis%20104.pdf
- 29 mai : Le CNOM présente 5 propositions concrètes dans un Livre blanc sur l’informatisation de la santé http://www.conseil-national.medecin.fr/?url=presse/article.php&id=129
- 18 et 19 juin : Interviews de Roselyne Bachelot sur le sujet : Les Echos, le Quotidien du médecin
Sur le même sujet : le site du GIP DMP : http://www.d-m-p.org/, les réactions du site i-med : http://www.i-med.fr/spip.php?rubrique2
Et une réflexion sur le dossier médical électronique tel qu’il se profile aux Etats-unis : http://affordance.typepad.com/mon_weblog/2008/06/all-google-bobo.html
http://www.cismef.org/blog/?p=161
L’indépendance de la rédaction est devenue un enjeu au Croatian Medical Journal après une confrontation entre le journal et le plus puissant de ses 4 propriétaires, la Faculté de médecine de l’Université de Zagreb … CMAJ • June 17, 2008; 178 (13). doi:10.1503/cmaj.080813.
http://www.cismef.org/blog/?p=160
PubMed vient d’annoncer plusieurs modifications du système d’ "automatic term mapping" (ATM), le système qui interprète les requêtes des utilisateurs.Ce dernier a été notamment modifié pour inclure par défaut les noms d’auteurs et de journaux ce qui devrait faciliter la recherche à partir d’éléments bibliographiques.
Pour les recherches thématiques, les choses se compliquent puisque ces modifications favorisent très fortement le rappel au détriment de la précision, c’est à dire plus de résultats mais une proportion de références pertinentes plus faible.
Pour les requêtes composées de plusieurs termes, tous les mots sont désormais recherchés y compris si ils sont utilisés indépendamment.
Sample search for gene therapy.
Old ATM: "gene therapy"[MeSH Terms] OR gene therapy[Text Word]
New ATM: "gene therapy"[MeSH Terms] OR ("gene"[All Fields] AND "therapy"[All Fields]) OR "gene therapy"[All Fields]
Avec ces modifications, toutes les références contenant gene et therapy sont inclues aux résultats y compris si ces mots sont utilisés séparément. Cette interprétation pourra poser problème avec les mots les plus courants.
Quelques exemples en chiffres (résultats du 29/05/2008 15h) :
- Gene therapy : 90744 (contre 36510 avec l’ancienne interprétation, soit une augmentation de 148%)- hepatitis a : 152418 (contre 19850, + 668% )
[mise à jour 03/07/2008]
Le nouvel ATM a été corrigé pour que les lettres ou les chiffres isolés ne soient plus cherchés séparément.
http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/mj08/mj08_pubmed_atm_cite_sensor.html
[fin de la Mise à jour]
- Gardner Syndrome : 1279 (contre 657, + 94%)
Plus que jamais, les guillemets (pour forcer la recherche d’expression) et les "Limits" (ou le nouveau formulaire de recherche avancée) sont indispensables pour interroger PubMed.
Source : http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/mj08/mj08_pubmed_atm_cite_sensor.html
http://www.cismef.org/blog/?p=158
- Anatomy Lens est un projet de recherche de la société IBM qui vise à améliorer la pertinence des résultats lors d’une recherche des articles de PubMed. Pour cela, le moteur de recherche exploite non seulement la terminologie MeSH mais également d’autres données et ontologies : "Foundational Model of Anatomy (FMA), Gene Ontology (GO), Gene Ontology Annotations (GOA)".
L’essai du service est gratuit après signature des conditions d’utilisation.
https://services.alphaworks.ibm.com/anatomylens/
- Polysearch est un outil de fouille de texte capable d’extraire de PubMed et d’autres bases de données de nombreuses associations entre maladies, gènes, substances, tissus etc.
L’article qui présente le projet : PolySearch: a web-based text mining system for extracting relationships between human diseases, genes, mutations, drugs and metabolites (Free Full Text).
Son URL http://wishart.biology.ualberta.ca/polysearch/
http://www.cismef.org/blog/?p=155
PubMed propose depuis hier un formulaire de recherche avancée en version beta.
Ce formulaire réunit sur une seule page des fonctionnalités qui étaient autrefois dispersées sous les onglets "limits" et "history" mais ne propose pas de réelles nouveautés.
La présentation officielle : http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/mj08/mj08_advanced_search.html
http://www.cismef.org/blog/?p=154
Le site d’information patients de référence MedlinePlus propose maintenant des informations dans de nombreuses langues à partir de cette page : http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/languages/languages.html.
http://www.cismef.org/blog/?p=153
Le National Center for Integrative Biomedical Informatics propose sur son site un outil qui permet de consulter les correspondances (extraites automatiquement de la littérature) entre gènes et termes MeSH et de consulter les références bibliographiques assiociées : http://gene2mesh.ncibi.org/
Source : ScienceRoll
http://www.cismef.org/blog/?p=152
Paru dans la Revue Médicale Suisse, n°151 de 2008
http://www.cismef.org/blog/?p=151
La revue du praticien, sous la plume de Jean-François Vincent (conservateur, chef du service d’histoire de la médecine) consacre deux articles à la présentation des fonds de la Bibliothèque interuniversitaire de médecine (BIUM).
- Les collections anciennes de la Bibliothèque interuniversitaire de médecine de Paris, LA REVUE DU PRATICIEN - 31/03/2008 - No 6 p.690-3
- Les ressources pour l’histoire de la médecine sur le site web de la BIUM, LA REVUE DU PRATICIEN - 15/04/2008 - No 7 p.806-9
Le site de la BIUM http://www.bium.univ-paris5.fr/
Le site de la bibliothèque numérique Medic@ http://www.bium.univ-paris5.fr/histmed/medica.htm
Planches extraites de : Camper, Petrus. Dissertation physique… sur les différences réelles que présentent les traits du visage chez les hommes de différents pays et de différents âges. Utrecht : B. Wild et J. Altheer, 1791. http://www.bium.univ-paris5.fr/histmed/medica/cote?06324
http://www.cismef.org/blog/?p=149
CISMeF bonnes pratiques contient aujourd’hui près de 2000 recommandations professionnelles francophones librement accessibles.
Pour savoir d’où proviennent ces documents vous pouvez maintenant consulter la liste des sites qui les éditent à cette adresse : http://doccismef.chu-rouen.fr/CISMeFBPedit.html.
http://www.cismef.org/blog/?p=147
La page d’accueil de CISMeF Bonnes pratiques http://www.chu-rouen.fr/cismefbp/ a été modifiée pour clarifier les différents accès aux recommandations professionnelles :
- Le moteur de recherche, pour chercher à partir d’un nom de pathologie, de substance ou d’une pharmaceutique par exemple.
- L’accès thématique qui permet de partir d’une spécialité médicale (vous pouvez cliquer sur le nom de la spécialité ou sur les termes spécifiques proposés).
- Les types de recommandations : conférences de consensus formalisé ou non, recommandation pour la pratique clinique, recommandation de bon usage du médicament.
- Enfin les répertoires. Cette page liste les principaux répertoires et sources de recommandations en ligne dans la francophonie.
http://www.cismef.org/blog/?p=146
Le site http://www.tictocs.ac.uk/ vient de mettre en ligne un premier prototype.
Il centralise les sommaires de plus de 6 000 revues scientifiques. Un moteur de recherche permet de retrouver les titres et les flux RSS correspondant. Une simple case à cocher permet de s’abonner à un flux à même le site. Un service d’ors et déjà très utile même si les titres francophones n’y sont qu’une poignée.
http://www.cismef.org/blog/?p=144
L’outil de recherche Doc’CISMeF reconnaît désormais de nombreux concepts liés aux substances et médicaments :
- de nombreux noms de substances ont été ajoutés (exemple : diéthylène-glycol)
- les numéros CAS peuvent-être utilisés (58-08-2).
- concernant les médicaments, les noms commerciaux, les code CIS (Code Identifiant de Spécialité), les codes CIP (Code d’Identification de la Présentation) et les codes ATC sont reconnus.
Au niveau de l’affichage une ligne "substances" s’ajoute désormais aux mots-clés.
Si vous souhaitez voir le détail des nouvelles informations utilisées et la manière de les utiliser très précisément à l’aide de la recherche booléenne, vous pouvez consulter cette nouvelle rubrique de l’aide : http://www.chu-rouen.fr/cismef/aide/outilderecherche.html#recherchebool%E9ennem%E9dicaments.
http://www.cismef.org/blog/?p=143
Le service Infodoc du GRPS (Groupement régional de promotion de la santé de la région Nord – Pas-de-Calais) vient de mettre en ligne son blog : http://infodoc.santenpdc.org/.
On y trouvera :
- des articles détaillés.Tous ces thèmes sont déjà abordés : addiction, alimentation, environnement, maladies, NPdC, politiques de santé, promotion de la Santé, psychosociologie, santé des jeunes
- un agenda des évènements santé en région Nord - Pas-de-Calais et ailleurs
- une veille Internet
Plus d’infos sur le lancement sur La conjuration et sur cette page : http://infodoc.santenpdc.org/?page_id=2
http://www.cismef.org/blog/?p=141
Présentations académiques
Introduction SJ. Darmoni
CISMeF et formation C. Letord
CISMeF et Web 2.0 G. Kerdelhué
Recherche d’information B. Dahamna
Extracteur multi-terminologique S. Pereira
Interopérabilité sémantique inter et intra terminologique en médecine T. Merabti
Recherche d’information multi-terminologique S. Sakji
Atonant, Cogni-CISMeF JF. Kotowicz & N. Chaignaud (LITIS)
UMLF & VUMeF P. Zweigenbaum (LIMSI, Paris)
Interstis M. Joubert & M. Fieschi (LERTIM, Marseille)
PSIP. R&MC R. Beuscart (CERIM, Lille)
UMVF JM. Renard (Lille)
Prendre en charge l’indexation pour CISMeF des ressources pédagogiques produites en local C. Dumont & L. Milaret (SCD Santé, Lille 2)
Présentations commerciales
Mémodata & Vodel D. Dutoit
Témis & PIH C. Huot
http://www.cismef.org/blog/?p=140
Ce diaporama est réalisé à l’occasion du premier carnaval des blogs médicaux.
Les résultats de CISMeF
Les résultats de PubMed (sans limitations)
Pour compléter la recherche documentaire, on pourra également suivre d’autres pistes comme Google Scholar ou la BDSP.
Version PDF
http://www.cismef.org/blog/?p=138
Bloc-notes de Didier Nordon paru dans Pour la Science N° 364 - février 2008
http://www.cismef.org/blog/?p=139
Lu dans Le Monde, daté du 24 janvier 2008
http://www.cismef.org/blog/?p=137
Update Sources